Una vez tuvo que admitir su derrota, y fue hecho prisionero deportándolo a otra isla, la de isla de Santa Elena, más bien un islote situado a 1.900 kilómetros de la costa africana más próxima, en el Atlántico Sur.

Sus vencedores le habían puesto una atenta guardia de un millar de soldados ingleses que le vigilaban constantemente. Sin embargo, aunque muy contados, en Santa Elena hubo también franceses que no se separaron de él, incluidos algunos que ya le habían hecho compañía en Elba, como Henri-Gratien Bertrand, ex mariscal de Francia y amigo de Bonaparte desde 1798; y el conde Charles-Tristan de Montholon, aristócrata que se había hecho bonapartista y al que acompañaba en la isla su joven y hermosa esposa quien, al parecer, y con el visto bueno del conde, visitaba al ex Emperador en la intimidad, hasta el punto de que, según parece, llegaría a nacer en Santa Elena una niña a la que se habría bautizado con el nombre de Napoleone.

El que fuera emperador de Francia y terror de Europa, junto a sus acompañantes, tenía a su disposición para su descanso una enorme villa llamada Longwood House, de unas 23 habitaciones, pero muy sucia, abandonada e inhóspita. Sin nada que hacer en todo el día, se entretenía dictando sus recuerdos (el luego famoso Memorial de Santa Elena) a un paciente conde de Las Cases. Pero él mismo escribía a ratos otra clase de textos, como el de una novela a la que consiguió dar por finalizada y que tituló Clisson et Eugénie, basada en sus amores frustrados con aquella preciosa marsellesa llama da Desirée que acabaría casándose con su amigo Bernadotte.

También en la soledad de su isla-prisión volvió a sus viejas aficiones, como el estudio de las Matemáticas, Historia y Geografía. Volvió así mismo a la lectura, su otro gran pasatiempo, releyendo los Evangelios, la Odisea y algún volumen del gran Corneille, autor que se sabía casi de memoria. Pero esta especie de vida bucólica relativa cambió drásticamente cuando, en abril de 1816, llegó a su isla-prisión un nuevo gobernador-carcelero, Hudson Lowe.

Obsesionado el nuevo responsable con la posibilidad de que, una vez más, Napoleón se escapara, el militar inglés endureció las condiciones de vida del prisionero, hasta el punto de que este estaba seguro de que Hudson lo estaba envenenando lentamente.

Después aparecerá en su vida, de nuevo, la amada hermana Paulina quien, sin arredrarse, escribirá a lord Liverpool solicitando el traslado de su hermano enfermo a un mejor clima, ya que «si nuestra petición es rechazada —advertía— será para él una sentencia de muerte». Lo cierto fue que, desde marzo, el enfermo empeoró gravemente. Ante el cariz que tomaba la salud de Bonaparte, además del doctor Antomarchi. le trató el doctor Arnott, médico del 20 Regimiento, aunque ambos se encontraron con la cerrazón del ilustre enfermo a medicarse, pues no hacía más que repetir, fatalista, que «nuestra hora está marcada». Lo cierto era que el Emperador se moría muy lentamente, tanto si se debía a un hipotético envenenamiento o a causa de una grave enfermedad. Si se admitía lo segundo, muy grave debía ser el mal ya que el general Bonaparte falleció en Longwood el día 5 de mayo de 1821, coincidiendo su muerte con una jornada infernal en la que durísimos fenómenos atmosféricos se volcaron sobre Santa Elena, sobre todo una horrísona tempestad que pareció sumarse, escandalosamente, al adiós al Emperador de los franceses.

Entre los papeles encontrados al muerto estaba aquella parte de su testamento que hablaba de su deseo de descansar junto al Sena, y en medio del pueblo francés. En este caso especialísimo, el último deseo del moribundo no seña aceptado, y el gobernador inglés puso el grito en el cielo ante semejante petición. Según éste, los restos de Napoleón habían de permanecer también en aquel islote del diablo.

Convencidos los partidarios de respetar el último deseo de Napoleón de lo inútil de sus súplicas, decidieron buscar un lugar adecuado en aquel islote ingrato digno de recibir los restos del corso. Algunos recordaron uno de los pocos rincones agradables de la isla de Santa Elena, un escondido rincón del que manaba un agua cristalina que le había aliviado. mientras vivió allí, sus fuertes dolores de estómago. Todos estuvieron de acuerdo, y se procedió a su enterramiento. También le pareció aceptable a Hudson, y en medio de una solemne procesión, el ataúd del Emperador se dirigió al lugar elegido, descansando bajo los sauces.

Hasta 1840 estuvo allí la tumba de Napoleón, dentro de un féretro colocado en dos cajas de madera y aislado del exterior. Tras la larga pesadilla, no sólo del Imperio sino de las grandes convulsiones de Francia desde 1789, al enterrar a Bonaparte, por fin respiraron tranquilos los monarcas europeos y las familias de la nobleza, no tan convencidos de su muerte real, a pesar de conocer la prisión sin posibilidad de escape en la que se encontraba el odiado advenedizo, sintiendo un latente terror supersticioso de que también del más allá pudiera regresar.

Cuando se corrió la noticia por todo el continente de que, en efecto, estaba muerto y bien muerto, aquellos celebraron el fin del Monstruo, el más suave apelativo con el que se referían en las cancillerías monárquicas al pequeño cadete de Ajaccio que los había hecho, en más de una ocasión, serviles lacayos o humillados aliados. Pero allí estaba el certificado de defunción extendido tras la autopsia y que estaba firmado por Shortt (oficial de sanidad), Arnott (cirujano del Regimiento número 20), Mitchell (cirujano de navío), Burton (médico del regimiento número 66) y Livingstone (cirujano al servicio de la Compañía de Indias). Apenas un mes antes de su muerte, el 15 de abril, había firmado su testamento que, entre otros apartados, decía:

«(...) Deseo que mis cenizas descansen a orillas del Sena, en medio del pueblo francés, que tanto he amado.

Recomiendo a mi hijo que no olvide nunca que ha nacido príncipe francés, y que no se preste jamás a servir de instrumento en manos de los triunviros que oprimen a los pueblos de Europa. Jamás debe combatir ni perjudicar de ningún modo a la Francia; debe adoptar mi divisa: «Todo para el pueblo francés»

Muero prematuramente, asesinado por la oligarquía inglesa y su sicario; el pueblo inglés no tardará en vengarme. (...)».