Francis Bacon (Londres 1561-1626) es el filósofo de la ciencia original, el primero que describió no sólo las ambiciones intelectuales características de la ciencia moderna, sino también las organizaciones donde ésta se desarrolla. Hombre brillante, socialmente ambicioso y arrogante, en su prolongada carrera pública Bacon ostentó altos cargos en la administración y escribió extensamente sobre los beneficios públicos de lo que ahora se calificaría como ciencia aplicada. Fue de los primeros en desechar la escolástica medieval como método de investigación, y propuso el propio.

Como su contemporáneo Descartes Bacon describió un método científico que puso en suspenso la mayoría de las creencias tradicionales en favor del proyecto de establecer una comprensión del mundo nueva y más amplia. A diferencia de Descartes, la ciencia de Bacon se basaba en meticulosas observaciones y experimentos e implicaba la cooperación con numerosos científicos. La primera etapa del proyecto de Bacon consistía en reunir grandes cantidades de datos mediante la observación directa y sin prejuicios de todo tipo de cuestiones.

A continuación, se filtraban los datos para evitar errores y absurdos, pese a lo que aún continuarían estando poco elaborados. El siguiente paso consistía en formular hipótesis de leyes generales que explicaran los datos obtenidos. Bacon pensó que se debería buscar un número limitado de características básicas, de modo que las leyes hipotéticas cubrieran todas las combinaciones posibles de dichas características. En cate punto se corría el riesgo de que uno se dejara influir por creencias irracionales, de modo que era preciso protegerse de ellas.

En Cambridge, sus estudios de las diversas ciencias le llevaron a la conclusión de que los métodos empleados y los resultados obtenidos eran erróneos. Su reverencia por Aristóteles, del que, a pesar de todo, no parecía tener excesivo conocimiento, contrastaba con su desapego por la filosofía aristotélica. A su juicio, la filosofía precisaba de un verdadero propósito y nuevos métodos para alcanzar ese propósito. Con el primer germen de la idea que le consagraría, Bacon abandonó la universidad.

Bacon agrupó estas influencias en las cuatro clases de ídolos: ídolos de la tribu (errores e ilusiones naturales para el ser humano); ídolos del cuarto de trabajo (énfasis exagerado en las propias experiencias); ídolos del mercado (asumir que distintas personas usan las mismas palabras para describir las mismas cosas); e ídolos del teatro (ideas que desorientan presentadas por los sistemas filosóficos). En cuanto se tuviera la hipótesis, se debería contrastar con los datos existentes. Silos datos no permitieron encontrar pruebas determinantes, podrían obtenerse realizando un «experimento crucial». Esto permitiría comprobar directamente las implicaciones de las hipótesis competidoras, lo que indicaría cuál es correcta.

Muchos aspectos de esta metodología encajan perfectamente con la estructura de las ciencias biológica y fisica, que luego hicieron uso de ella. En concreto, la idea de manipular la naturaleza para producir pruebas que no podrían obtenerse por simple observación es crucial para el método científico. Otros de los elementos propuestos por Bacon parecen hoy bastante inocentes, en particular la idea de que es posible formular un con junto de hipótesis suficientemente rico para cubrir todas las posibles leyes reales, y bastante simple para descubrir la verdad por una sencilla eliminación le las hipótesis propuestas que no enajen con los datos.

Los científicos deben de ser ante todo escépticos y no aceptar explicaciones que no se puedan
probar por la observación y la experiencia sensible (empirismo).

La más sabia de las sugerencias de Bacon acaso sea la de que, para entender la naturaleza, es preciso coordinar el trabajo de muchos investigadores, algunos de los cuales reunirán información y otros se dedicarán a sistematizarla. Bacon se daba cuenta de que éste era un empeño costoso, por lo que trató de interesar a las autoridades de su época para que sufragasen los gastos de lo que hoy se denominan asociaciones científicas e institutos de investigación. Al fracasar trató de financiarlos él mismo.

Cuando murió en 1626, Bacon había caído en desgracia por aceptar un soborno en su cargo de juez; desde el principio de la historia de la ciencia, la necesidad de apoyo económico llevó a quienes la practicaban a adoptar medidas desesperadas.