La Segunda Guerra Mundial constituyó un importante estimulo para la investigación clínica. La necesidad de prevenir las enfermedades y las deficiencias nutritivas, así como de atender a los enfermos y a los heridos, determinó que fuera preciso coordinar a escala nacional la investigación con fines estratégicos. Los problemas se agudizaron a causa de la escasez de ciertos fármacos. Fue preciso desarrollar sustitutos sintéticos, como en el caso de la quinina, utilizada para el tratamiento del paludismo. En Gran Bretaña, el papel directivo correspondió al Medical Research Council (MRd, mientras que en Alemania la investigación estuvo coordinada por la Deutsche Forschungsgemeinschaft. Los biólogos británicos concentraron su atención en el problema de la curación de las heridas. Peter Medawar estudió el comportamiento de los homoinjertos cutáneos y, en colaboración con J.Z. Young, intentó la utilización de una solución concentrada de fibrinógeno en plasma natural como «pegamento» para unir los extremos de los nervios seccionados.

El MRC  patrocinó  investigaciones sobre la patología y el tratamiento de las quemaduras con el fin de mejorar el índice de curaciones mediante la prevención de las infecciones. Para prevenir las lesiones cerebrales, Hugh Cairns diseñó un casco protector que determinó una disminución de este tipo de lesiones entre los motociclistas militares. Se organizaron servicios de transfusión de sangre para los heridos civiles y militares. Se realizaron investigaciones sobre la recogida, el almacenamiento y el suministro de sangre así como sobre los grupos sanguíneos, como resultado del descubrimiento en Estados Unidos del factor Rh. En 1943 se comprobó que la acidificación en una solución glucosada de citrato prolongaba la vida útil de la sangre almacenada. Se realizaron experimentos con suero y con plasma líquido y desecado, corno sustitutos de la sangre entera.

Durante la Primera Guerra Mundial se había comprobado que el restablecimiento del volumen sanguíneo era uno de los pasos más Importantes para salvar l vida a una persona herida. Durante el segundo conflicto mundial se estableció en Gran Breteña un servicio de transfusiones sanguíneas, con una red de donantes voluntarios y bancos de sangre. La transfusión de sangre es un ejemplo del efecto de las prioridades militares sobre el mejoramiento de los servicios sanitarios a la población civil.

El control del paludismo fue un logro de la medicina militar británica.

Si bien los investigadores médicos alemanes tenían ante sí problemas similares en el tratamiento de los heridos de guerra, gran parte de sus investigaciones se vieron afectadas por el racismo nazi. La ideología racista estimulo la investigación sobre eugenesia y genética humana. Los médicos ofrecían los mejores tratamientos disponibles a los grupos de la población considerados de mayor valor racial. Pero la intervención de la medicina podía ser mortal para los enfermos considerados incurables o para los individuos racialmente «inferiores».

En 1933 se impuso la esterilización obligatoria para los «deficientes mentales», los esquizofrénicos y los afectados de corea de Huntington. La declaración de guerra de Hitler en 1939 iba acompañada de la orden de matar a los pacientes con trastornos mentales. La misma medida se extendió a los niños disminuidos, a los ancianos incapacitados y a los denominados «antisociales». La «eutanasia» de los enfermos incurables o cuya vida era considerada inútil por los nazis constituyó un holocausto médico que precedió y complementó la matanza genocida de millones de judíos, gitanos y otras minorías consideradas racialmente «inferiores». Se calcula que alrededor de 100.000 personas fueron asesinadas durante el programa de «eutanasia».

El holocausto médico proporcionó un estímulo para los estudios sobre genética, bioquímica y etología humanas, aunque el grado en que la investigación estaba explícitamente relacionada con la ideología nazi era variable. Los nazis trataban a los internados en los campos de concentración por motivos raciales como simples animales de laboratorio. Los experimentos de esterilización mediante exposición a los rayos X guardaban relación con el proyecto de eliminar a las poblaciones no deseadas. Sobre estas poblaciones se realizaron pruebas de nuevos fármacos y vacunas, como fue el caso de la fiebre tifoidea en Buchenwald. Los prisioneros de Dachau fueron sometidos a experimentos de bajas presiones y bajas temperaturas para establecer eL tiempo que podían resistir los pilotos sometidos a esas condiciones.