LA ORGANIZACIÓN NACIONAL: Entre 1862 y 1880, los sucesivos presidentes fueron estableciendo las bases para La construcción del Estado central argentino, lo cual significó que las autoridades nacionales expandieron su control sobre el territorio y subordinaron a las provincias a su autoridad. Para llevar a cabo estos objetivos, los gobiernos tuvieron tres herramientas fundamentales: el Ejército nacional, la administración pública y el manejo de los principales recursos económicos. En relación con este último punto, en julio de 1862 Mitre tomó una medida fundamental: nacionalizó la Aduana de Buenos Aires, decisión que le permitió disponer de los recursos necesarios para sostener los gastos del gobierno nacional.

PRESIDENCIA DE MITRE (1862-1868)
El 12 de octubre de 1862 Mitre asumió la presidencia luego de haber ejercido desde el 12 de abril el poder nacional por delegación de las provinciaa lo  acompaño corno vicepresidente Marcos Paz.

Ya se había producido la separaciónn dentro del liberalismo de los nacionalistas de Mitre (partidarios de la autoridad del gobierno central por sobre el de las provincias) y los autonomistas de Valentín Alsina (defensores de la autonomía de los privilegios provinciales de Buenos Aires). El objetivo de Mitre fue realizar la unidad nacional sobre la base de la pacificación interior. Contra su gobierno, en La Rioja. se sublevó la montonera federal, acaudillada por Ángel V. Peñaloza, El Chacho, que extendió su influencia sobre San Luis, Córdoba, Catamarca, Salta y Tucumán.

Para derrotarlo se destinaron fuerzas nacionales que resultaron triunfantes en San Francisco (mayo 26 de 1863) y Lomas Blancas (agosto de 1863). Finalmente, El Chacho fue capturado y asesinado por uno de los jefes militares que lo perseguían en Olla (La Rioja) en noviembre de 1863.

El caudillo riojano Ángel Vicente Peñaloza era el jefe de las “montoneras”, que utilizaban el método de ‘la guerra de guerrillas”, es decir, ataques a caballo sorpresivos, veloces y contundentes, seguidos de una huida igualmente rápida para evitar los contraataques. Finalmente, en 1 863, y luego de varios combates, el “Chacho” —así se lo llamaba a Peí5aloza— fue derrotado y muerto. Más tarde, todas las provincias cuyanas se alzaron al mando del caudillo Felipe Varela, en oposición a la guerra contra el Paraguay (1 865-1 870). En 1 868, las montoneras de Varela también fueron vencidas por tropas nacionales.

La oposición al centralismo de Buenos Aires y a la guerra del Paraguay —totalmente impopular en las provincias, donde se producían deserciones masivas entre los reclutados para el ejército nacional— estalló en 1867 con la revolución de los Colorados, encabezada por Juan Saa y Felipe Varela. El apoyo de Mitre con el interior era el caudillo santiagueño Antonio Taboada quien venció a Varela en Pozo de Vargas y retuvo así el control del norte.

Para poder encauzar al país dentro del proceso de la organización nacional e integrarlo en la política mundial, el presidente entendió como una necesidad la no intervención en los problemas americanos. Por eso no participó del Congreso Panamericano reunido en Lima en 1862 para considerar la intervención francesa en México y la reincorporación de la República Dominicana a España. y se mantuvo prescindente en el conflicto planteado entre Perú y España al no reconocer ésta la independencia peruana.

Mientras Bartolomé Mitre estaba ocupado por los numerosos conflictos internos y por la guerra contra el Paraguay, el Presidente también se dedicó a la organización institucional del Estado y la sociedad. Durante su mandato se dio un fuerte impulso a la educación y a la justicia. Se organizó la Corte Suprema, se aprobó el Código de Comercio y se comenzaron a redactar los Códigos Civil y Penal.

LA CUESTIÓN ELECTORAL. Al aproximarse la renovación de las autoridades nacionales se postularon distintos candidatos. El localismo porteño estaba representado por Adolfo Alsina el federalismo del interior, por Urquiza. El partido nacionalista sostenía a Elizalde. resistido por la opinión general debido a sus simpatías hacia el Brasil.

También surgió como candidato Sarmiento, apoyado por varias provincias del interior y, sobre todo. por la oficialidad del ejército. Mitre no apoyó abiertamente a ninguno de ellos. Desde Curuzú Cuatiá envió una carta a José María Gutiérrez, publicada en el periódico Iba Nación Argentina. que se conoce como testamento político de Mitre. donde, pese a anunciar su prescindencia en la cuestión. se manifiesta contrario a la candidatura de Alsina: tampoco está de acuerdo con la de Urquiza, si bien no brinda su apoyo a Sarmiento, tampoco le hace mayores objeciones.

Dentro del  partido simpatizaba con Elizalde, Alsina sintiéndose anulado por Mitre y su apoyo en el interior para poder vencer a los nacionalistas, se unió a Sarmiento. Así se integró la fórmula Sarmiento-Alsina que triunfó en las elecciones del 2 de abril de 1868.

En mayo de 1862 se reunió el Congreso Nacional de Buenos Aires para encontrar una solución al problema de la Capital Federal. El proyecto de la federalización de Buenos Aires fue enviado a la Legislatura bonaerense en agosto de 1862, pero la provincia se negó a entregar su ciudad capital, tras varios debates, no se llegó a un acuerdo, por lo cual se apeló a una solución temporaria. El gobierno nacional se instaló en la ciudad de Buenos Aires en calidad de ‘huésped”, coexistiendo en la misma ciudad con el gobierno provincial bonaerense. Como este acuerdo sólo duraba cinco años, tuvo que ser renovado periódicamente hasta 1880, cuando se llegó a una solución definitiva.