En mayo de 1861 las tropas de la Unión, al mando del general Irwin McDowell, avanzaron sobre Virginia y se dirigieron hacia Manassas, base del principal ejército confederado de Beauregard. Estaban mal preparadas las tropas de ambos bandos, tenían sus respectivos oficiales tan poca costumbre de mandar a tantos soldados, eran tan semejantes las banderas, y tan variados los uniformes en un mismo ejército (Azul, el verde de los Tiradores de Precisión, el rojo de los Zuavos de Nueva York) que se produjo una confusión terrible. La batalla inicialmente del lado de la Unión, pronto se estrelló contra las tropas del mítico “Stonewall” Jackson siendo derrotadas por éste el 21 de julio en la primera batalla de Bull Run. La derrota de la Unión vuelve a amenazar la integridad de la Capital. Después de esta batalla, Lincoln sustituyó a McDowell por el general George B. McClellan como comandante del recién creado Ejército del Potomac, procediendo éste a su inmediata reorganización.

El teatro naval de la guerra se centra en el bloqueo. Al principio de la guerra el aislamiento del Sur no fue efectivo, habrá que esperar hasta 1863. Uno de los mitos de la guerra civil es el enfrentamiento entre el Merrimac y el Monitor, era la primera vez en la Historia en que dos barcos metálicos se enfrentaban entre sí.

Con el Ejército del Potomac reorganizado, McClellan avanzó en la primavera de 1862 hacia la península situada entre los ríos James y York con la intención de marchar sobre Richmond. En la batalla de Fair Oaks y Seven Pines (31 de mayo-1 de junio) se repelió un ataque confederado y se eligió a Lee, como comandante del Ejército del Norte de Virginia, para sustituir a Joseph E. Johnston que había resultado herido. En junio el ejército de McClellan se aproximó a Richmond. Mientras tanto, el general “Stonewall” Jackson hizo avanzar su ejército confederado hasta el valle de Shenandoah y cruzó el Potomac, por lo que el gobierno negó a McClellan los refuerzos que él creía necesarios para atacar Richmond. La estrategia de Lee se sustentaba en la base de la inferioridad numérica de los hombres del Sur, con lo cual sus movimientos de flanco con Longstreet y “Stonewall” Jackson a modo de maniobras de distracción, motivaban que el Norte pocas veces pudiera contar con la superioridad numérica necesaria, así siempre rechazaba cualquier avance hacia Richmond. Con la intención de sacar el máximo provecho de la excesiva cautela de McClellan, Lee, con los refuerzos de los hombres de Jackson, se enfrentó a las fuerzas de la Unión formadas cerca de Richmond en la batalla de los Siete Días (25 de junio-1 de julio), que tuvo un resultado indeciso, si bien expulso a los hombres de McClellan del cerco sobre la capital del Sur. No obstante, McClellan ordenó la retirada al río James, concluyendo así tristemente su campaña peninsular. Decepcionado por la excesiva precaución de McClellan, Lincoln nombró general en jefe al general de división Henry Wager Halleck, que había obtenido algunas victorias recientes en el oeste. McClellan conservó el mando del Ejército del Potomac, pero Lincoln trajo del oeste al general John Pope para que encabezara al nuevo Ejército de Virginia, formado principalmente por tropas que habían sido retenidas en el norte de Virginia para controlar a Jackson, el cual campaba a sus anchas por el Valle del Shenandoah.

El 30 de agosto, en la segunda batalla de Bull Run, las fuerzas confederadas de Lee, Jackson y el general James Longstreet hicieron replegarse a las tropas de la Unión hasta Washington, donde Pope fue relevado de su cargo. Tras esta victoria, Lee sorprendió al norte invadiendo Maryland con 50.000 hombres. Con esta atrevida maniobra esperaba obtener el reconocimiento extranjero de la Confederación. Ésta fue una de las crisis más agudas de la Unión. En el Oeste, una ofensiva de los confederados estaba anulando la labor de  Grant; de triunfar, Kentucky quedaría seguro para la Confederación, y a ello podía seguir una invasión de Ohio por los sureños. Lee esperaba ganar Maryland para la Confederación, lograr esto suponía cortar a Washington de su conexión con el Norte, y poner al Ejercito de Virginia sobre la Capital, Filadelfia o Baltimore, así hubiera logrado la independencia del Sur. McClellan detuvo el avance de Lee en la batalla de Antietam, gracias ha descubrir los planes de Lee, pero por no perseguirle en su retirada, Lincoln le relevó del cargo. La opinión pública del Norte no estaba tan agradecida a McClellan después de tantas dilaciones al decidirse por atacar a Lee.

McClellan siempre que le insinuaban el ataque, respondía con la necesidad de más tropas y abastos, alegando que en el Ejercito de Virginia existía paridad numérica con el del Potomac. Esto motivó que fue relavado y sustituido por Burnside. Aquí la historiografía ha abierto un curioso debate. La vertiente política del asunto es que McClellan era demócrata y trataba de lograr una salida negociada al conflicto, de ahí su escaso interés en perseguir a las tropas de Lee. La vertiente militar es que McClellan no podía seguir al Ejército del Norte de Virginia pues de esta forma dejaría libre al Sur en su camino a Washington, dado que Lee siempre daba muestras de adelantarse a los movimientos del enemigo.[4] No se le podrá negar tampoco a “Little Mac” su labor de organización y preparación de las tropas del Potomac, hasta entonces netamente novatas y poco instruidas. De todas formas esta “victoria” motivo que Lincoln se decidiera por abalar con su firma el acta de Emancipación de los esclavos.

A finales de 1862 el Ejército del Potomac reanudó su ofensiva contra Richmond, esta vez bajo las órdenes del general Ambroise E. Burnside, sufriendo una grave derrota en los alrededores de Fredericksburg, en Virginia, por lo que Burnside también fue destituido.

Las victorias de la Unión en el Oeste

Mientras en el este la situación estaba en punto muerto, las operaciones militares de la Unión en el oeste tuvieron más éxito. El objetivo en este frente era controlar el valle del Mississippi para dividir en dos el territorio de la Confederación. A comienzos de 1862, Grant, con el apoyo de una flota de buques acorazados, consiguió capturar Fort Henry y Fort Donelson con lo que tenía vía libre para dominar el Mississippi. Mientras tanto, al oeste del río, las tropas de la Unión derrotaban a los confederados en Pea Ridge, Arkansas (6-8 de marzo), consolidando el control de la Unión sobre el Missouri. El ejército confederado del norte de Tennessee se retiró hacia el Mississippi para intentar establecer una nueva línea de defensa, pero Grant detuvo su avance en la batalla de Siloh (6-7 de Abril de 1862) A principios de junio las fuerzas de la Unión habían invadido casi todo el este y el oeste de Tennessee y controlaban el sur del Mississippi hasta Memphis.

En una estrategia coordinada, las fuerzas de la Unión también avanzaron al norte del Mississippi. En abril, un escuadrón naval comandado por el capitán David Glasgow Farragut penetró en las defensas confederadas de la desembocadura del Mississippi y forzó la rendición de Nueva Orleans, el principal puerto de la Confederación. Durante los últimos meses de 1862, Grant consolidó su posición a lo largo del Mississippi. Buell, que había recibido órdenes de desplazarse a Chattanooga (Tennessee) se enfrentó a las fuerzas confederadas mandadas por el general Braxton Bragg. En diciembre, el general William S. Rosencrans, que había sustituido a Buell, se enfrentó a las tropas de Bragg en la batalla de Murfreesboro (Tennessee) obligándoles a retirarse. Entretanto, Grant se preparó para el asalto a Vicksburg (Mississippi), la última fortaleza de los confederados en el oeste.

El punto de inflexión de la Guerra

Cuando retomó el mando del Ejército del Potomac, el general Joseph Hooker, más decido, prometió invertir la larga serie de derrotas de la Unión en el este. En abril, con un ejército de 130.000 hombres, se preparó para atacar a Lee en Fredericksburg, pero su dubitativa ofensiva tuvo como consecuencia la derrota de sus tropas en la batalla de Chancellorsville (Virginia), frente a las fuerzas combinadas de Lee y Jackson, muriendo este último en el curso de la misma, a manos de sus propios hombres.

Animado por la victoria, Lee tomó la iniciativa y trasladó su ejército al norte, Pennsylvania, cortando de esta forma las líneas de comunicación de Washington con el resto de la Unión, con la intención de inducir a la Lincoln a negociar la paz. En junio, un ejército confederado de 75.000 hombres marchó sobre el valle de Shenandoah y entró en el sur de Pennsylvania. El Ejército del Potomac (unos 85.000 hombres), mandado ahora por el general George Meade, se dispuso a detener el avance de Lee. Estos dos enormes ejércitos se enfrentaron en la batalla de Gettysburg (1-3 de Julio de 1863), Pennsylvania, en la que Lee, tras ser derrotado perdió una buena parte de su ejército en un ataque fallido.

Hacia finales de 1863 la guerra se había puesto a favor de la Unión. Tras su derrota en Gettysburg, Lee fue incapaz de mantener ninguna operación defensiva más en el norte. El ejército de la Unión en el oeste había dividido a la Confederación y su victoria en Chattanooga hizo posible extender la guerra a Alabama y Georgia.

 Hacia la victoria de la Unión.

Confiando en que finalmente había encontrado a la persona adecuada, a principios de 1864 Lincoln nombró a Grant comandante en jefe de todas las fuerzas de la Unión y éste diseñó una estrategia para asestar un golpe definitivo a la Confederación. El Ejército del Potomac, dirigido por Grant y Meade, se enfrentaría a Lee en el norte de Virginia y avanzaría hacia Richmond. Un ejército mandado por Sherman marcharía hacia el sur desde Chattanooga para adentrarse en Georgia y tomar Atlanta. Un tercer ejército a las órdenes del general Philip Sheridan, operaría en el valle Shenandoah y privaría a las fuerzas de Lee de los víveres de esa región.

A finales de marzo se puso en marcha el Ejército del Potomac, formado por 115.000 hombres. Tras sucesivos enfrentamientos con las tropas confederadas de Lee en Wilderness, Spotsilvania Courthouse y Cold Harbor, Grant decidió cortar la línea de suministros de Richmond tomando Petersburg, ciudad a la que puso sitio el 20 de junio. Esta serie de batallas habían costado a la Unión la perdida de una gran cantidad de hombres. Cualquier general hubiera sido sustituido, pero Lincoln ya tenía por fin un general capaz y decidido y no lo iba a soltar fácilmente. La guerra en Virginia acabó siendo una auténtica guerra de trincheras, obligando al posicionamiento de los frentes, sobre todo durante el asedio de Petersburg. ¿Por qué esta espera? Grant conocía la superioridad táctica de Lee, de ahí que desgastando a su oponente, él lograría la victoria. Además obligaba a Davis a sostener en recursos a Lee, dejando sin ellos a Joseph Johnston, lo cual significaría dejar libre a Sherman para llegar al mar.

Por su parte, y cumpliendo lo previsto en el plan de Grant, Sheridan ocupó el valle de Shenandoah, y Sherman tomó Atlanta; compensando el estancamiento de la situación en Virginia y contribuyendo a asegurar la reelección de Lincoln como presidente de la Unión en noviembre.

El intento de reconquista de Atlanta llevado a cabo por el ejército confederado a las órdenes del general John Bell Hood, fracasó días después en la batalla de Nashville (15-16 de diciembre), quedando así desbaratada la resistencia confederada en el oeste. El 15 de noviembre Sherman inició su marcha hacia el mar. Dejando Atlanta en llamas, su ejército de 60.000 hombres avanzó finalmente sin oposición por Georgia, devastando el territorio a su paso. Savannah cayó poco antes de Navidad y el ejército de Sherman continuó hacia el norte adentrándose en Carolina sin encontrar apenas oposición. En abril de 1865 cayeron Mobile, Selma y Montgomery, en Alabama.

Al mismo tiempo, Sheridan se preparaba para unirse a Grant y realizar el ataque definitivo al ejército de Lee. En abril de 1865 Grant consiguió finalmente apoderarse de la línea del ferrocarril que aprovisionaba a Richmond. Obligado a abandonar Petersburg y Richmond, Lee se retiró hacia el oeste esperando unirse al ejército confederado de Joseph Johnston en Carolina del Norte. Grant bloqueó su paso y el 9 de abril de 1865 Lee se rindió a Grant en Appomatox, Virginia. Con la rendición de Lee, los demás ejércitos confederados se fueron desplomando rápidamente.