El 8 de diciembre de 1863 el presidente firmó una Declaración de Amnistía y Reconstrucción. Excepto para los funcionarios y oficiales militares de alto rango de la Confederación, todos los sureños que juraran lealtad a la Constitución y obediencia a la legislación así como a las proclamaciones concernientes a la esclavitud tenían garantizada la amnistía.

Cuando el 10% del electorado de un estado del 1860 hubiera cumplido estas condiciones, ese estado podía redactar una nueva Constitución, elegir nuevos cargos estatales y enviar representantes al Congreso. Cuando Lincoln fue reelegido, también triunfó la Reconstrucción.

El nuevo espíritu significaba que había que olvidar la rebelión; y había que readmitir a cada Estado del Sur dentro de la Unión con todos sus privilegios en cuanto el 10% de los blancos hubieran prestado juramento de fidelidad y organizado un gobierno estatal. De esta forma los Radicales veían frustrados sus intentos de victoria sin perdón.

Pero el espíritu de la reconstrucción se truncó cuando el Presidente Lincoln es asesinado. Justo el mismo día en que el Mayor Robert Anderson enarbolaba de nuevo la bandera de las barras y estrellas sobre Fuerte Sumter, cuatro años después de que la arriará.

La guerra zanjó la cuestión del mantenimiento de la Unión; se desacreditó la doctrina de la secesión y, a partir de 1865, los estados encontraron otras formas de exponer sus diferencias. La guerra amplió la autoridad del gobierno federal, que ejercería una jurisdicción y poderes más amplios que en cualquier otro momento anterior en la historia del país.

El Norte había entablado la guerra con tres propósitos: Unión, libertad y democracia. Al principio conservar la Unión había sido la meta principal. Después de 1862 la abolición de la esclavitud llegó a ser un segundo objetivo reconocido. Y para muchos, tanto en Europa como en América, mantener “un gobierno del pueblo, por el pueblo y para el pueblo” era el tercero.[7] 

La Unión se había restaurado, la larga disputa por la naturaleza de la Unión quedaba resuelta finalmente por la posición nacionalista, pese a la utilización de la fuerza. Pese a todo el espíritu secesionista no cambió, añadiéndose otro sector en la opinión americana como será el del Oeste.